La chiesa fu voluta e ideata dallo stesso Sant´Alfonso , che ne affidò il progetto e la direzione dei lavori all´architetto regio Pietro Cimafonte.
La costruzione, iniziata nel 1756 , fu completata dopo varie interruzioni solo nel 1824.
Nel 1908 la chiesa fu elevata a basilica Pontificia da Papa Pio X.
La facciata in stile neoclassico, con decorazioni in stucco e colonne, fu realizzata nel 1823 da Filippo Conforto.
Nel 1824, Carmine Calvanese ne eseguì, invece, le statue dei santi Pietro e Paolo, poste in due nicchie ai lati dell´ingresso.